虽然囊胚培养在生理上更合适，并能减少多胎妊娠的风险，这在各方面都是有益的，但任何事物都有其好的一面和坏的一面，囊胚培养也不例外。那么，囊胚培养有风险吗？我们会发现的。

　　(1) 存在着转诊被取消的风险。

　　尽管胚胎学家有一些经验，但仍无法准确预测将形成囊胚的卵子的形态。囊胚形成的百分比因病人而异，偶尔所有病人的囊胚都可能没有形成，没有囊胚可供移植。因此，如果不经筛选就进行囊胚培养，可能会导致流产移植率的增加。

　　2.非整倍体和异常基因甲基化修饰的风险。

　　一般认为，囊胚培养是对胚胎质量的优先选择，理论上染色体异常的胚胎有可能被排除。然而，遗传学检查显示，一定比例的高分囊胚仍然是非整倍体的。较长的培养期可能会导致基因甲基化异常变化的风险增加。然而，由于目前这种疾病的发病率极低，没有足够的报告来证实囊胚培养与异常甲基化疾病之间的关系。

　　3.同卵双胞胎的比率增加

　　虽然囊胚培养移植后多胎率可以明显降低，但同卵双胞胎的发生率略高于卵生胚胎。

　　注：不可否认，囊胚移植的成功率很高，但由于体外培养环境最终与自然体内环境不一样，增加培养时间可能会淘汰一些能够植入的卵细胞胚胎。囊胚的成功是以牺牲许多第3天卵细胞的胚胎为代价的。

　　总之，囊胚培养是一个不断监测胚胎发育并淘汰最佳和最差胚胎的过程。并非所有的胚胎都能发育成囊胚，这取决于培养的胚胎的质量。除了胚胎本身的质量外，囊胚培养对胚胎学实验室的人员和设备也有很高的要求。